Στην πρώτη αίθουσα, η εκθεσιακή αφήγηση ξεκινάει με τέχνεργα από το νησί της Γαύδου, ήδη από την Παλαιολιθική Εποχή. Ακολουθούν ευρήματα από νεολιθικές θέσεις των Χανίων, και η παρουσίαση της ζωής στα σπήλαια και τις προϊστορικές εγκαταστάσεις. Μέσα από αρχαία αντικείμενα και αναπαραστάσεις αναδύεται το μινωικό παρελθόν της δυτικής Κρήτης και η σπουδαιότητα του ανακτορικού κέντρου της Κυδωνίας, σημερινά Χανιά.
Στη δεύτερη αίθουσα, η έκθεση συνεχίζει με τους ιστορικούς χρόνους και την ίδρυση των πόλεων-κρατών της δυτικής Κρήτης από τον 8ο αιώνα π.Χ., με προεξάρχουσες την Κυδωνία, και την Άπτερα. Ειδική μνεία γίνεται στο Κοινό των Ορείων, την Ομοσπονδία των ορεινών πόλεων που δημιουργήθηκε τον 3ο αιώνα π.Χ. Έμφαση δίνεται στη νομισματοκοπία, τις παραγωγικές δραστηριότητες, το εμπόριο, αλλά και στις συμμαχίες και τις έριδες των κρητικών πόλεων.
Στην τρίτη αίθουσα, πτυχές του καθημερινού βίου ξεδιπλώνονται μέσα από τέχνεργα και από την αναπαράσταση οικίας, που καταστράφηκε στον σεισμό του 365 μ.Χ. Τα ιερά, οι λατρευτικές συνήθειες, το Ασκληπείο της Λισού, οι ταφικές πρακτικές και αντιπροσωπευτικά γλυπτά και επιτύμβια μνημεία ολοκληρώνουν την αφήγηση για τη ζωή στη δυτική Κρήτη έως τον 4ο αιώνα μ.Χ.
Στον όροφο, εκτίθεται σημαντικό μέρος της Συλλογής Κωνσταντίνου, Μαρίκας και Κυριάκου Μητσοτάκη, που χρονολογείται από την 4η χιλιετία π.Χ. έως τον 3ο αιώνα μ.Χ.
Η έκθεση εμπλουτίζεται με ψηφιακές προβολές, απτικά εκθέματα (αντίγραφα αρχαίων αντικειμένων) και λεζάντες σε γραφή Braille, καθώς και με ακουστική ξενάγηση
