Το πήλινο «Σφράγισμα του Δεσπότη» είναι μοναδικό, ως προς τη διακόσμηση, σφράγισμα και είναι γνωστό ως ¨Master impression¨. Φέρει παράσταση που απεικονίζει πολυώροφο κτηριακό συγκρότημα, αποδίδοντας πόλη, ανάκτορο ή ιερό. Τα κτίρια ορθώνονται πάνω σε βραχώδη, υψηλό, παραθαλάσσιο λόφο που απολήγει σε απότομη ακτή. Οι επίπεδες στέγες των κτηρίων επιστέφονται με κέρατα καθοσιώσεως, ενώ σε αυτά διακρίνονται αρχιτεκτονικά στοιχεία όπως ξύλινες θύρες, λίθινες παραστάδες, καθώς και διακοσμημένα υπέρθυρα. Στο μέσον της σφραγιστικής επιφάνειας, στη μεσαία και υψηλότερη στέγη κτηρίου, εικονίζεται όρθια ανδρική μορφή, σε κατατομή προς τα δεξιά, κρατώντας σκήπτρο σε δεσποτική στάση. Πρόκειται για ένα από τα σπουδαιότερα ευρήματα των ανασκαφών της Κυδωνίας, ενώ η παράσταση του είναι μοναδική στη μινωική τέχνη. Το έκθεμα χρονολογείται στην Υστερομινωική Ι Β περίοδο.